Zu Beginn des 19. Jahrhunderts zog die industrielle Entwicklung im oberen Elbtal auch katholische Christen nach Pirna.
Eine Stiftung der sächsischen Prinzessin Maria Cunigunde (eine Äbtissin und Enkelin von August dem Starken) ermöglichte 1822/23 den Bau einer katholischen Schule mit einer Kapelle (am Hausberg). Ihr zu Ehren wählte man als Patronin die heilige Kaiserin Kunigunde (980-1039), die als klug, tatkräftig und gerecht beschrieben wird.

Als die Kapelle für die wachsende Gemeinde zu klein wurde, erbaute man die heutige Kirche, die 1869 geweiht wurde. Oberlandesbaumeister C. A. Canzler entwarf die gesamte Baugruppe von Kirche, Pfarr- und Schulhaus, die einen geschlossenen Eindruck im Stil der frühen Neogotik vermittelt und heute unter Denkmalschutz steht.

Die Kirche ist eine in Postaer Sandstein ausgeführte einschiffige, kreuzrippengewölbte, dreijochige Halle mit Chorraum. Der Turm ist 40,5m hoch. Der Innenraum strahlt Klarheit und Ruhe aus. Das Altarbild im neogotischen Rahmen stellt die Hl. Kunigunde dar, die ihre Kaiserkrone dem von ihr gestifteten Kloster Kaufungen übergibt als Zeichen der Demut. Es ist ein Gemälde von Wenzel Schwarz (Wien) und wurde 1868 geschaffen.

Die Jehmlich-Orgel aus dem Jahre 1869 besitzt noch die originale mechanische Traktur.
1982 erfolgte die behutsame Neugestaltung der Inneneinrichtung nach Maßgaben des zweiten Vatikanischen Konzils und auch des Denkmalschutzes. Der Anstrich war weiße Latexfarbe.
Von September 2002 bis November 2003 erfolgte eine komplette Sanierung (neue Heizung, neue Bänke, Abbeizen der Latexfarbe, neue farbige Ausmalung (Ocker, Blau), Werktagskapelle, Überholung der Orgel).